Gli archivi della Chiesa Cattolica comprendono in sé numerosi e variegati complessi documentari: si va dagli archivi diocesani (che conservano anche la memoria dell’attività di un vescovo e della sua Curia) agli archivi parrocchiali (che conservano la documentazione prodotta dalla parrocchia nello svolgimento delle sue attività), dagli archivi capitolari (prodotti dal Capitolo di una chiesa cattedrale o collegiata e dai vari enti ad esso collegati), per arrivare agli ordini monastici e alle congregazioni religiose.

Gli archivi ecclesiastici presenti sul territorio toscano costituiscono un patrimonio culturale assai cospicuo; basti pensare che l’archivio diocesano di Lucca conserva oltre 25.000 unità documentarie e 13.000 pergamene, di cui 1.800 dall’anno 685 all’anno 1000, iscritte nel 2011 dall’UNESCO nel registro “Memory of the world”, dichiarate cioè “patrimonio mondiale dell’umanità”.

Gli archivi ecclesiastici si conservano solitamente presso l’ente che li ha prodotti; nei casi in cui particolari vicende abbiano portato ad uno spostamento delle carte, di norma esse confluiscono presso l’archivio diocesano di riferimento territoriale. Vi sono comunque delle eccezioni, come nel caso degli archivi degli Ordini religiosi soppressi in epoca leopoldina, napoleonica e agli albori dell'Italia unita, confluiti presso l'Archivio di Stato di Firenze e gli altri Archivi di Stato che tutt'oggi li conservano. Stessa sorte ebbero gran parte degli archivi delle confraternite (associazioni di fedeli che perseguono l'incremento del culto pubblico, l'esercizio di opere di carità, di penitenza, di catechesi), pervenuti in gran parte agli Archivi di Stato, così come altri enti di assistenza e beneficenza.

Nel quadro delle intese con la Conferenza Episcopale Italiana, stilate sulla base del Concordato Stato-Chiesa del 1984, la Soprintendenza Archivistica, in accordo con la maggior parte delle diocesi toscane, ha dato vita negli ultimi decenni ad operazioni di riordino ed inventariazione di interi archivi o parti di essi, alla produzione di strumenti di corredo, a interventi di restauro. Si ricordano in particolare i censimenti degli archivi parrocchiali, realizzati secondo diverse modalità.

A questo panorama si aggiungono altre realtà religiose attive nella conservazione e nella valorizzazione dei propri archivi; si pensi ad esempio alla Chiesa Evangelica Valdese di Firenze, aderente allo Sdiaf, il cui archivio storico è stato recentemente oggetto di inventariazione, o alle Comunità ebraiche (Firenze, Livorno, Pisa, Siena) con le quali la Soprintendenza Archivistica e Bibliografica collabora da anni in operazioni di riordino ed inventariazione degli archivi sulla base di intese.

Alcuni enti ecclesiastici hanno scelto di mettere a disposizione sul web la descrizione del proprio patrimonio documentario, aderendo o dando vita a diversi progetti.

Tra questi si ricorda “Anagrafe” dell’Ufficio Nazionale per i Beni Culturali Ecclesiastici, che prevede un’attività di riordino e inventariazione informatizzata degli archivi ecclesiastici, conosciuta sotto il nome di CeiAr. Vi prendono parte in Toscana:

- tutti gli archivi diocesani (con rare eccezioni);
- in area fiorentina: l’Archivio provinciale dei Cappuccini, l’ Archivio del Capitolo metropolitano, l’Archivio della Provincia italiana dei P.P. Scolopi, l’Archivio storico della Provincia di San Francesco stimmatizzato dei Frati minori in Toscana, l’Archivio dell'ex Provincia di San Marco e Sardegna, l’Archivio di Santa Maria Novella;
- in area grossetana: l’Archivio abbaziale di Orbetello;
- in area aretina: l’Archivio del Convento della Verna e l’Archivio capitolare di Arezzo.

All’archivio capitolare di Arezzo, insieme ai tre Archivi storici diocesani di Arezzo, Sansepolcro e Cortona, è inoltre dedicato un apposito sito web volto a rendere accessibile il ricco patrimonio archivistico-bibliotecario della diocesi. Simili impegni hanno visto come attori l'Archivio Capitolare di Pistoia e l'Opera di Santa Maria del Fiore di Firenze, che hanno reso disponibili le digitalizzazioni di parte del proprio patrimonio archivistico e librario, tra cui i registri dei battezzati (Firenze). L’informatizzazione dei libri canonici è stata condotta anche sui battesimi somministrati a Pisa tra il 1457 e il 1557, e sui registri conservati presso gli archivi parrocchiali delle diocesi di Fiesole, Grosseto, Massa Marittima - Piombino, Montepulciano - Chiusi - Pienza, Volterra, aderenti al progetto La memoria dei Sacramenti.