Verso la fine degli anni ‘90 del Novecento il Comune di Massa Marittima e la Soprintendenza Archivistica hanno finanziato un primo progetto di riordino sulla spinta delle richieste di ex minatori che avevano esigenza di documentare la propria situazione previdenziale. Sono state esaminate e inventariate in quegli anni poco più di 7000 unità relative all'archivio del Personale e questo lavoro ha permesso di arrivare nel 1999 alla prima pubblicazione (Angela Quattrucci, Gli Archivi Minerari di Massa Marittima, Comune di Massa Marittima, 1999), che consente di effettuare limitate ricerche.
Nel 2001 la Soprintendenza Archivistica ha realizzato in collaborazione col Comune di Massa Marittima un primo lavoro di ricognizione e scarto sul materiale ancora non inventariato (che era la maggior parte) per arrivare alla redazione di un progetto generale di riordino degli Archivi, che in quel momento non potevano essere consultati (a parte, pur con molte difficoltà, le 7000 unità inventariate) proprio perché si trattava di materiale informe e confuso.

Le sedi di questo materiale sono state diverse nel tempo, dal Convento di San Pietro all'Orto prima dei restauri che hanno portato all'allestimento del Museo di Arte Sacra, fino ad alcuni locali concessi dalla ASL nella vecchia sede abbandonata dell'ospedale si Sant'Andrea, costruito nel '700 dal Granduca Pietro Leopoldo nel luogo dove sorgeva il Castello del Monteregio nella parte alta di Massa Marittima, vicino alla Torre del Candeliere e al Cassero senese.

Nel 2005 è arrivato il primo finanziamento destinato agli Archivi minerari dal Parco Nazionale delle Colline Metallifere grossetane (costituitosi nel 2002) per attuare una prima tranche di lavoro che ha però privilegiato le mappe e i disegni trasferiti così in un locale idoneo. Fu dunque realizzato un intervento di selezione e catalogazione di oltre cinquemila mappe in un data base a cura di Simonetta Soldatini, che si è poi integrato con la digitalizzazione di un migliaio di questi documenti realizzata a cura del Centro di Geotecnologie dell’Università di Siena. Le mappe digitalizzate si possono trovare in rete all’indirizzo sito www.neogeo.unisi.it/dbgmnew.

La necessità di dare una sede definitiva a questa immensa mole di materiali ha dato luogo, nel frattempo, ai progetti del Comune di Massa Marittima per creare un vero e proprio Centro di Documentazione dell'attività mineraria dove raccogliere tutta la documentazione archivistica arrivata a Massa Marittima. Questo progetto, che ha portato appunto al restauro dell'edificio abbandonato adibito a officina meccanica e infermeria della miniera di Niccioleta, è partito negli anni Novanta del Novecento ed è stato portato a termine dall'Ufficio tecnico del Comune grazie a diversi finanziamenti concessi da diversi soggetti: il Ministero, la Regione, la Comunità Europea e lo stesso Comune di Massa Marittima. Il lavoro di recupero della struttura, portato avanti insieme al recupero della palazzina della Direzione nei pressi dell'officina (oggi sede di un ostello gestito da una cooperativa sociale), ha occupato il primo decennio degli anni Duemila. Nel 2012 si è potuto finalmente procedere a trasferire nel Centro il materiale archivistico