L’archivio della Colombaria, notevolmente danneggiato dalle distruzioni belliche, è composto dai materiali prodotti dall’Accademia che costituiscono l’archivio proprio e da documenti, manoscritti, disegni, carte giunte in Colombaria per lasciti e donazioni e acquisizioni.

La parte dell’archivio proprio dell’Accademia è costituita dagli Annali dove sono riportati i rendiconti delle sedute, a questi sono allegate le tramogge, documenti a stampa, disegni, incisioni, lettere e documenti vari, in caso di raccolte particolarmente corpose si parlava di monte.  Gli Annali rimasti a documentare la vita accademica sono quattordici volumi e coprono il periodo dal 1756 al 1800, sono ripartiti in quaderni scritti da mano diverse, erano compilati a rotazione dai Soci colombari. Alcuni dei quaderni hanno frontespizi disegnati dai Soci medesimi.

Tra i fondi di maggior pregio si cita il Fondo Pandolfini acquisito dai Colombi nel 1758 dalla vedova Teresa Pandolfini e il Fondo Rivani donato dal socio Alessandro Rivani nel 1823.

Grazie alle donazioni dei Soci si conservano a testimonianza dei primi anni della vita colombaria i Sunti del Tarpato (Andrea Da Verrazzano), una sorta di verbale parallelo agli annali ufficiali ma ripartiti per argomento. Si tratta di tredici volumi acquisiti dal Socio Cammillo Galletti nel 1835 dagli eredi della famiglia Da Verrazzano, documentano il periodo dal 1735 al 1753, nella sezione iniziale si riportano le informazioni sulla vita sociale, i soci, i loro motti, gli stemmi, i calendari e le sedi delle adunanze a questa prima parte ne segue una descrittiva organizzata per capi: gemme, sigilli, monete, naturalia, ecc.  Di grande utilità per la consultazione di questi sono i due volumi degli indici redatti dal medesimo Tarpato. Documentazione parallela a quella del Tarpato è quella redatta da Bindo Simone Peruzzi, noto col nome colombario de Il Domestico. I Sunti del Domestico hanno analoga struttura, anche se i capi hanno distinzioni diverse, e coprono il periodo tra il 1735 ed il 1744, anche questi provengono dalla famiglia Galletti.  

Altro strumento a documentazione della prima attività della Colombaria son i Sunti dello Spollinato, l’abate Giovan Battista Nardi, che redasse gli indici degli oggetti esibiti durante le adunanze. Si tratta di nove volumi con gli indici per oggetti dei materiali osservati ripartiti in medaglie e monete, sigilli, gemme, pitture, manoscritti, iscrizioni, notizie e argomenti vari.

In anni più recenti l’archivio si è arricchito di ulteriori lasciti e donazioni. Si tratta di fondi legati a personalità illustri costituti da carteggi, appunti, ritagli di giornale appartenuti a intellettuali vissuti nel corso del Novecento.  

Il Fondo Ravà-Bonaiuti in corso di inventariazione. Si tratta, massimamente, di opere a carattere monografico di e su Buonaiuti, nonché di testi inerenti il Modernismo, la storia del Cristianesimo e della Chiesa.

Il Fondo Procissi. Giunto all’Accademia per donazione del titolare, che ne era socio effettivo residente dal 1977. I materiali qui raccolti sono tutti direttamente attinenti l’attività di ricerca di Angiolo Procissi riferendosi, massimamente, a documenti per apporti bibliografici alla storia della matematica e, soprattutto, materiali riguardanti la catalogazione dei fondi galileiani della Biblioteca Nazionale Centrale di Firenze.

Il Fondo Annibale Pastore: Raccoglie materiale manoscritto, rispecchiante la vita e l’attività scientifica di Annibale (Valentino Annibale) Pastore, professore di filosofia teoretica a Torino (nato nel 1868, morto nel 1956). Donato negli anni ‘70 dalla Signora C. Mucchi Piccolomini, è stato minuziosamente descritto da Fabio Bazzani, Le carte di Annibale Pastore. Fondo dell’Accademia “La Colombaria”, Firenze, Olschki, 1991, che l’ha ordinato distribuendolo in quattro sezioni, cioè 1. carteggio; 2. manoscritti di opere edite e inedite, schemi di corsi universitari; 3. materiali diversi; 4. materiali di Pietro Mosso. Consiste di carte 4250 (Pastore), più 250 (Mosso). Il fondo è stato recentemente implementato (nel 2012) con una donazione da parte del nipote di Annibale Pastore, questo nuovo lascito è composto da 15 raccoglitori di lettere private, il numero più cospicuo sono le lettere alla moglie ma anche lettere a  Sibilla Aleramo, Pietro Mosso e altri ancora. L'inventario, in pdf, è consultabile on line.

La Raccolta dei manoscritti della Colombaria è consultabile su supporto elettronico presso la sede della Colombaria. 

La Raccolta della Collezione Antichi Disegni e Stampe è consultabile su supporto elettronico in Colombaria.