Allo scoppio della prima guerra mondiale, interventista convinto, si arruolò volontario e combatté per tre anni sul fronte trentino. I suoi interessi per lo scavo e la ricerca svolta sul campo, precedentemente all’inizio della guerra, si erano concretizzati nella stampa di alcune sue importanti pubblicazioni, ossia Città di Castello. Scoperte di edificio romano (in Notizie degli scavi di antichità, Accademia Nazionale dei Lincei, VIII, 1911, pp.57 – 63), Trevignano. Avanzi di corredi funebri del VII secolo ( in Notizie degli scavi di antichità, Accademia Nazionale dei Lincei, VIII, 1911, pp. 252 – 253) e Gubbio. Scoperte di antichità presso la stazione (in «Notizie degli scavi di antichità», Accademia Nazionale dei Lincei, X, 1913, pp. 284 – 290). Durante il conflitto, da studioso instancabile quale era, si dedicò a correggere le bozze del volume relativo al Museo di Villa Giulia, che uscì nel 1918.
Alla fine della Grande Guerra Alessandro Della Seta ottenne l’incarico di direttore della Scuola di Archeologia Italiana di Atene (1919-1939), dove successe a Luigi Pernier (1874 – 1937), professore di Archeologia all’Università di Firenze dal 1916, del quale esistono in archivio 43 lettere scritte tra il 1908 e 1927. Durante gli anni di insegnamento ad Atene, il Della Seta poté approfondire le tematiche storico artistiche che più gli stavano a cuore, concentrando la sua attenzione sugli aspetti connessi all’arte figurativa in particolare e più propriamente all’anatomia e al corpo umano e pubblicò la sua opera maggiore: Il nudo nell’arte (Milano, 1930). Durante i medesimi anni ebbe modo, inoltre, di dedicarsi a numerose attività di scavo: in Caria con Amedeo Maiuri (1886 – 1963), l’archeologo fondatore del Museo Archeologico di Rodi e soprintendente della Campania e del Molise dal 1924, di cui in archivio esistono 31 lettere scritte dal 1908 al 1926; alle pendici dell’Acropoli; a Farsalo; a Bodrum; a Cos; a Scarpato; a Tino , a Rodi e a Lemno. Questo all’isola di Lemno, fu lo scavo archeologico più impegnativo e duraturo, condotto allo scopo di indagare sulla provenienza degli Etruschi e protrattosi per molti anni a partire dal 1925.

Il complesso archivistico prodotto da Alessandro della Seta contiene un’interessantissima raccolta di taccuini di scavo, distinti per località e anno di riferimento: in particolare sono presenti 11 taccuini di scavi in Grecia, degli anni Venti e Trenta; appunti e diari di scavi in Anatolia degli anni Venti e Trenta; 11 taccuini di scavi a Lemno 1927-37; e appunti di “scavi 1927, necropoli tirrena”.
Dal 1926 per iniziativa personale del ministro Fedele, Alessandro Della Seta tornò a Roma per ricoprire le cattedre di Etruscologia e Archeologia italica. Socio dell’Accademia di San Luca dal 1927, membro dallo stesso anno della Società archeologica greca, nonché socio ordinario dell’Accademia dei Lincei dal 1930, la sua carriera di professore universitario e autore di importanti produzioni scientifiche, ebbe termine con la promulgazioni delle leggi razziali nel novembre del 1938. Venne inserito nella lista dei discriminati e fu obbligato a lasciare gli incarichi istituzionali (cfr. Dizionario Biografico degli Italiani, cit.).
La sua vita si concluse il 20 settembre 1944 a Casteggio di Pavia, nel totale isolamento ed abbandono, a seguito di una rapida malattia.

L’archivio da lui prodotto si configura come una preziosa e insostituibile fonte storica. Si tratta di un complesso documentario completo le cui carte permettono sia di rivisitare luoghi artistici e siti archeologici di grande importanza facendo conoscere i lavori di scavo giorno per giorno, sia di rivivere avvenimenti storici e politici di quel lungo periodo che va dalla fine ‘800 al secondo dopoguerra. Oltre al carteggio già inventariato, infatti, il fondo di Alessandro Della Seta contiene lettere di parenti e famigliari da inventariare, altre duemila lettere circa, senza busta, decine di diari di scavo e taccuini con annotazioni relative a molti viaggi di studio e di lavoro ed in particolare a visite ai musei italiani e stranieri, una serie di pacchetti di fogli sciolti sui quali sono scritte le lezioni universitarie dal 1902 al 1939, vari dattiloscritti delle pubblicazioni, una scatola con documenti personali tra cui certificati universitari, documenti amministrativi, abbondante materiale fotografico di architetture, sculture e oggetti artistici di arte classica (molto probabilmente utilizzate per le pubblicazioni), giornali e ritagli di giornale del 1915- 1946 e atti notarili relativi a vendite o affitti di proprietà o lasciti testamentari, riconducibili sia ad Alessandro Della Seta che a sua moglie, Maria Teresa Sarchi.